La Casa de Enseñanza de Santo Tomás fue el primer centro educativo de Costa Rica, creado en 1814 durante el mandato colonial.

Inicialmente, contaba con educación primaria y secundaria; se enseñaba a leer, a escribir, aritmética y doctrina religiosa.

En 1843, la casa de enseñanza cambió su título a Universidad de Santo Tomás, con el fin de fortalecer la instrucción pública como base del desarrollo y la cultura del país. Formó a líderes políticos, médicos y a bachilleres en filosofía.

En 1888, se cerró la universidad, por razones políticas y económicas, y algunas de sus cátedras continuaron trabajando de forma independiente.