Durante la colonia y las primeras décadas de vida independiente, solo el catolicismo fue permitido en el país. Las religiones propias de los pueblos originarios y otros cultos fueron limitados.

No obstante, el comercio con Inglaterra rompió esta barrera, introduciéndose también el protestantismo.

En la década de 1840 se trajeron las primeras 300 biblias protestantes y se logró el permiso para celebrar públicamente un culto.

En 1848, se reconoció la libertad de culto en Costa Rica y la primera iglesia protestante en el país, El Buen Pastor, se construyó en 1864.